Эль Гибсон | Июнь 27, 2022

Быстрое секвенирование

Общественность предупреждена об Omicron после быстрого обнаружения учеными UNM

Обнаружение новых вариантов COVID-19 по мере их распространения представляет собой масштабную научную и логистическую задачу.

Но благодаря двум ученым из Университета Нью-Мексико, которые изучали и отслеживали распространение SARS-CoV-2 (вируса, вызывающего COVID-19) с начала пандемии, геномный надзор — это то, как мы знали, когда вариант Omicron был первым. завезен в Нью-Мексико.

В декабре 2021 года Даррелл Л. Динвидди, доктор философии, и Дэрил Домман, доктор философии, соруководители программы геномного наблюдения за SARS-CoV-2 в Центре медицинских наук Университета Нью-Мексико (при поддержке Национального института общих медицинских наук) , обнаружил первый известный случай варианта Omicron в штате, что позволило быстро принять меры общественного здравоохранения.

Мы стараемся проводить анализ в режиме реального времени, когда получаем образцы и обрабатываем их для секвенирования как можно быстрее. Затем мы можем предоставить информацию органам общественного здравоохранения и нашим клиницистам, потому что политика может быть изменена, когда появится более заразный вариант.

- Даррелл Динвидди, Кандидат наук

В течение недели после того, как пациент в больнице UNM дал положительный результат на COVID-19, лаборатория Доммана, которая занимается анализом последовательностей генома SARS-CoV-2, определила, что образец был вариантом Omicron.

Домман и Динвидди немедленно уведомили об этом Департамент здравоохранения Нью-Мексико (DOH). На следующий день DOH смог опубликовать объявление о том, что Omicron прибыл в штат, и призвал к дополнительным мерам предосторожности.

«Это был довольно быстрый поворот», — сказал Динвидди.

Динвидди, доцент кафедры педиатрии UNM, сказал, что изучение и отслеживание SARS-CoV-2 и его вариантов также помогло контролировать эффективность вакцин.

«Когда мы начинаем наблюдать снижение защиты вакцинированных людей при появлении нового штамма SARS-CoV-2, это указывает на то, что, возможно, их иммунитет ослабевает», — сказал Динвидди. «Это может быть использовано CDC и FDA, чтобы узнать, нужно ли им одобрить еще один бустер».

До пандемии Динвидди, доцент кафедры внутренних болезней, изучал другие респираторные вирусы с помощью геномного тестирования, а Домман сосредоточился на геномном наблюдении за холерой в глобальном масштабе. Домман сказал, что их области знаний хорошо совпали, когда в начале 2 года пришло время переключить внимание на вирус SARS-CoV-2020.

Я думаю, что у нас есть действительно взаимодополняющие наборы навыков. Я думаю, что для нас обоих это был довольно простой переход к применению наших навыков к SARS-CoV-2, и именно поэтому мы смогли так быстро измениться и начать работу.

- Дэрил Домман, Кандидат наук

«Я думаю, что у нас есть действительно взаимодополняющие наборы навыков», — сказал Домман. «Я думаю, что для нас обоих это был довольно простой переход к применению наших навыков к SARS-CoV-2, и именно поэтому мы смогли так быстро измениться и начать работу».

Эти двое секвенировали положительные образцы на SARS-CoV-2 как из больницы UNM, так и из больниц Нью-Мексико, а также из крупной диагностической компании TriCore Reference Laboratories.

«Это действительно дало нам представление о том, как вирус попал в штат и откуда взялись эти инфекции», — сказал Динвидди. «Тогда мы могли бы отслеживать те, которые пришли и привели к распространению в сообществе».

В то время как США резко улучшили работу геномных детективов за последние два года, есть одна вещь, которая их замедлила: домашние тесты на COVID-19.

Конечно, преимущества домашнего тестирования перевешивают недостатки, но эти положительные образцы не попадают в систему эпиднадзора.

«Это имеет драматические последствия не только для нас, но и для подсчета случаев», — сказал Домман. «С точки зрения доступа к образцам и понимания того, что циркулирует в штате, регионе и стране, это определенно проблема, которую нам нужно решить».

По словам Доммана, для борьбы с этой проблемой их усилия вместе с TriCore и Министерством здравоохранения Нью-Мексико направлены на секвенирование не менее 5% всех положительных случаев в данном месяце.

«Это довольно хороший базовый уровень», — сказал он. «На этом уровне мы обычно подбираем варианты и подварианты, которые циркулируют по штату».